政府出台了防止男女同性恋、双性恋、跨性别者和双性人在工作中受到骚扰的措施，却未通过任何法律来保护他们免受各方面的歧视。在新冠疫情期间，针对妇女的家庭暴力事件有所增加。当局针对疫情的应对措施将某些少数民族排除在外。
背景
8月28日，安倍晋三在连续担任首相近8年后宣布辞职。原定于2020年举行的东京奥运会和联合国预防犯罪和刑事司法大会（UN Congress for Crime Prevention and Criminal Justice）均因新冠疫情被推迟到2021年。
男女同性恋、双性恋、跨性别者和双性人的权利
6月，一项法律经修订，以确保公司采取措施防止员工受到职位相对较高的工作人员的骚扰。修订内容包括一些规定，保护同志免受基于性倾向、性别认同和性别表达的“出柜”或其他侵犯行为。中小企业可于2022年4月前出台相关措施，而大型企业则须立即遵守该规定。
中央政府没有采取任何措施在法律上承认同性婚姻，但越来越多的地方政府出台了承认同性结合的条例或指导方针，涉及69个城市，至年底时约占总人口的三分之一。2018年，反对党提出了一项禁止歧视同志的法案，截至年底，该法案仍在国会的审议当中。
针对妇女的暴力行为
报告遭受家庭暴力的妇女人数连续16年上升，这一数字在新冠疫情期间激增。4月份报告的案件为1.3万件，相较2019年同期增长了29%。
2019年12月，记者伊藤诗织在针对一名知名男记者提起的民事诉讼中胜诉，该名男记者在2015年邀请她吃饭讨论工作机会后对她实施了性侵犯。尽管他没有受到提出刑事指控，这一判决被认为是该国#我也是（#MeToo）运动的重要进展。在该国，性骚扰或其他此类侵犯的受害者很少发声。尽管在法院的诉讼中胜诉，伊藤诗织却在社交媒体上面临进一步的攻击，这使她在6月对一名女漫画家和两名男子提起诽谤诉讼。
歧视
新冠疫情期间，卫生工作者及其家人在寻求服务时面临歧视。据媒体报道，一些卫生工作者在上门出诊时权利受到侵害，或被拒绝提供医疗照护、出租车或餐厅服务。一些卫生工作者的家人被停职。尽管当局警告道，针对卫生工作者及其家人的歧视是不可接受的，但有媒体报道指出，卫生工作者的子女被拒绝提供日托服务和使用娱乐设施，或成为欺凌的对象。
负责分发新冠援助物资的当局歧视朝鲜族学校。3月，埼玉（Saitama）市政府计划向为学龄前儿童提供照护或教育的工作者发放口罩，但把一家朝鲜族幼儿园排除在外。政府为受到疫情影响而面临财政困难的学生提供补贴，但位于东京之朝鲜大学校（Korea University）的学生不包括在内。这所大学的学生主要是朝鲜族人，其中有一部分是日本公民。
难民、寻求庇护者和移民
3月，当局报告称，在2019年的10,375份庇护申请中，有44份申请被接受为难民。现行法律允许当局无限期拘押包括寻求庇护者和非正规移民在内的无证外国国民，直到他们被驱逐出境为止。8月，联合国任意拘留问题工作组在审理两名寻求庇护者被拘押的案件时，指出有关的拘押是任意和歧视性的。
在新冠疫情期间，移民设施中的被拘者控诉环境过度拥挤、通风不良，而且缺乏适当的隔离措施来保护他们免受感染。为了减少移民拘留场所中的人数，当局暂时释放了过半计划于4月开始驱逐的被拘外国国民，但不允许他们工作，亦不向他们开放获得适足生活水平的途径。相反，公民社会组织为他们提供了生存所需的援助。
死刑
日本政府今年没有执行死刑，但也没有采取任何措施来废除死刑。有智力和社会心理残障的人士继续面临被处决的风险。2月，大阪地方裁判所驳回了松本健次（Matsumoto Kenji）第8次提出的再审申请。据称，他被警察胁迫“承认”两起抢劫和谋杀案后，于1993年被判处死刑。他自出生起就患有严重的智力残疾，并在拘留期间患上了妄想症。
2018年，东京高等裁判所驳回了袴田岩的再审申请，当时他已被关在死刑区46年。12月，最高裁判所推翻了东京高等裁判所2018年的裁决。