希望联盟（Pakatan Harapan）联合政府竭力实行人权改革，以兑现其在2018年竞选宣言中作出的承诺。尽管政府着手建立正式的警察投诉委员会，但限制言论与和平集会自由权的压制性法律依然存在。政府前所未有地接受了更多联合国人权理事会在审议其人权记录时提出的建议，但拒绝接纳有关保护男女同性恋、双性恋、跨性别者和双性人（同志）以及原住民权利的建议。 政府在3月承诺加入《国际刑事法院罗马规约》，但在一个月后撤回有关决定。
言论自由
政府普遍容忍批评，但继续利用《煽动叛乱法》及《通信与多媒体法》等法律限制言论自由权，特别是针对那些就种族、宗教或皇室议题发表了被视为敏感言论的人。3月，一名22岁的年轻人因在社交媒体上发表有关伊斯兰教的攻击性评论，被判有期徒刑10年。伊斯兰传教士旺吉旺胡申（Wan Ji Wan Hussin）在2014年因发表有关雪兰莪州苏丹的评论，被当局以《煽动叛乱法》定罪。他就该判决的上诉失败后，于7月被判入狱一年。该判决在等候上诉期间被暂缓执行。10月，政府封杀了一本中国在马来西亚宣传其外交政策目标的漫画书，名为《互利共赢的一带一路》（Belt and Road Initiative for Win-Winism），理由是该书“【意在】宣扬共产主义和社会主义意识形态”。
和平集会自由
7月，政府修订了2012年《和平集会法》，放松对游行示威及以其他形式和平示威的限制，并将集会所需的通知期从10日缩短至7日。当局大体上容忍公众的抗议活动，但在3月时却查问了国际妇女节游行的组织者，理由是其言论和标语被认为是支持同志。不过，调查最终被撤销。民众早前就政府允许一家稀土加工厂继续运营的决定举行了抗议活动。8月，警方对该抗议活动的组织者展开了调查。10月，政府在吉隆坡举行的一场声援香港的游行后亦采取了类似行动。在这两起案件中，均无人被提出指控。12月，警方成功地取得法庭命令，阻止一个中文教育游说团体召开大会，讨论其反对教授爪夷文（Jawi）的意见。爪夷文是一种用阿拉伯字母来书写马来语的文字。
原住民权利
1月，政府明确承诺要承认和保护原住民的权利，并考虑马来西亚人权委员会（Human Rights Commission of Malaysia）先前提出的建议。 同月，政府因为吉兰丹州政府没有保护属于原住民社区的土地，而对其提起诉讼。然而，尽管政府采取了这些积极措施，原住民却继续被边缘化。7月，3名原住民（Orang Asli）抗议者试图阻止州林业官员移除霹雳州一处伐木地点附近的障碍物，结果被警方拘捕。此前，吉兰丹州的峇迪族人（Batek）接连死亡，政府随后将他们的死归咎于麻疹。这些死亡事件突显出政府向原住民社区提供的医疗卫生服务质量低劣。联合国极端贫困与人权问题特别报告员在8月访问马来西亚后提出了这些问题和其他关切，包括原住民据称被迫使用节育措施。
警察和保安部队
7月，在人权团体呼吁当局解决警察侵权问题多年后，政府提出了《独立警察投诉和不当行为委员会法案》（Independent Police Complaints and Misconduct Commission bill），旨在建立一个新的警察监督机构。然而，于10月在议会进行辩论和投票的法案初稿遭到了公民社会组织的猛烈批评，他们称法案软弱无力，且赋予了首相过多权力。12月，政府表示将于2020年3月提交该法案的最终修订版本。
死刑
政府曾于2018年宣布打算全面废除死刑，但却在3月改变了这一决定，称只会废除11项刑事罪名中的强制性死刑。 10月，政府表示计划在2020年3月制定立法。自2018年10月以来，该国没有执行死刑。
宗教自由
6月，吉兰丹州政府宣布，计划在2049年前将该州所有传统上信奉万物有灵论的原住民都转化为伊斯兰教徒。这一宣布也证实了人们普遍持有的看法，就是政府有让所有原住民皈依伊斯兰教的政策。
2014年，雪兰莪伊斯兰宗教委员会（Selangor Islamic Religious Council）对女权团体“伊斯兰姐妹组织”（Sisters In Islam）发出法特瓦（fatwa）。9月，高等法院驳回了该团体挑战法特瓦的申请。公民社会组织担心，这一先例会让伊斯兰当局削弱宗教及言论自由权。
亦在9月，当局在全国各地的搜捕行动中拘押了数十名纪念什叶派圣日阿舒拉节（Ashura）的什叶派人士。目击者称，警方对那些在柔佛州的突袭中被拘押的人实施了虐待，包括用枪威胁一些被拘者。这些人于稍后获释。
男女同性恋、双性恋、跨性别者和双性人（同志）的权利
同志在法律上和实际生活中依然受到歧视。《刑法典》第377条A款将成年人之间相互同意的口交和肛交规定为犯罪行为。同志权活动人士努曼·阿菲菲（Numan Afifi）早前在联合国人权理事会审议马来西亚期间发表了一篇演讲，谈到了性别认同和性倾向问题。4月，警方就该篇演讲对他进行了讯问。6月，伊斯兰发展局（Islamic Development Department）指责将于10月在吉隆坡举行的国际性别与性问题会议（International Conference on Gender and Sexuality）在马来西亚“宣扬同志理念”，会议地点随后转移到泰国。11月，5名男子被雪兰莪州伊斯兰法院判处“意图发生违背自然规律的性交”罪名成立后，被政府实施鞭刑和监禁。
酷刑和其他虐待
马来西亚继续传来人们在羁押期间被虐待的报告。5月，一名30岁的持械抢劫案嫌疑人称，他被警察殴打、用泰瑟枪袭击，以及用辣椒酱摩擦他的生殖器，以诱使他招供。不过，政府并未对这些指称做出回应。7月，34岁的尼日利亚博士生汤姆斯·奥尔希斯·埃旺西哈（Thomas Orhions Ewansiha）在移民羁押中心内死亡，他的死因调查定于2020年1月进行。10月，沙巴州的一名囚犯被发现死在牢房里，头部和身体都有钝器伤。警方表示正在调查该案。
难民和寻求庇护者
马来西亚并非1951年《难民公约》的缔约国，但允许联合国难民署处理难民申请。该国驱逐了两名寻求庇护者出境。该国驱逐了至少两名寻求庇护者出境。5月，警方拘捕了已在联合国难民署登记的泰国政治活动人士普拉潘·皮皮特南蓬（Praphan Pipithnamporn），并应泰国当局的要求将她驱逐出境。8月，当局将同样已在联合国难民署登记的阿里夫·哥米斯（Arif Komis）及其家人遣返回土耳其，据称他在该国被控从属于葛兰运动（Gulen network）。两次驱逐行动都违反了有关不驱回的国际法原则。