日本国
政府首长：安倍晋三
国会通过了一项有争议性的法律，针对合谋实施“恐怖主义”和其他严重犯罪的行为，无视公民社会和学者曾对此猛烈批评，担心人权会被削弱。大阪市当局批准一对同性伴侣成为寄养家长，另有两个城市正朝承认同性伴侣关系的方向推进。一名著名和平活动人士被拘押的事件引起各方对公正审判的疑虑。一家地区法院裁定免学费制度适用于一家朝鲜学校，该校据称由于与朝鲜民主主义人民共和国（朝鲜）有联系而被排除在免学费制度之外。该国继续处决死囚。
男女同性恋、双性恋、跨性别者和双性人的权利
基于真实或被认为的性取向和性别身份的歧视行为仍普遍存在，但部分市政府取得了一些进展。 根据为没有监护人或被忽视或虐待的儿童提供支持的寄养计划，大阪市当局批准了一对男同性恋伴侣成为寄养家长，二人自2月开始一直在照顾一名十多岁的男童。这是首次有同性伴侣成为寄养家长，而且被该市视为单个家庭的事例。札幌市和港区正跟随另外5个市政府在2015和2016年的做法，朝承认同性伴侣关系的方向推进。
言论自由
6月，国会通过了一项针对所谓合谋实施“恐怖主义”和其他严重犯罪的法律。该法在没有提供充分保障的情况下，授予当局广泛的监控权力，这些权力可能会被滥用来限制言论自由权、结社自由权和隐私权。
该法还对独立非政府组织的合法工作构成威胁，因为“有组织犯罪集团”的定义含糊不清、过于宽泛，并不明确限于构成有组织犯罪或对国家安全构成真正威胁的活动。针对该法对公民社会的潜在不利影响，多地举行了抗议。
集会自由
著名和平活动人士山城博治（Hiroji Yamashiro）因为在针对冲绳美军建设项目的抗议活动中所扮演的角色被捕，并在严格限制的条件下于2016年末至2017年3月被羁押5个月，期间无法联系家人。 他是最直言不讳反对美军在冲绳兴建新基地的人士之一，在不尊重释放候审这推定的情况下将他长时间拘押，对其他行使和平集会权利的人产生了寒蝉效应。 一些活动人士因害怕遭报复而对参与抗议有所顾虑。
歧视 —— 少数民族
大阪地方法院在7月裁定，政府将大阪朝鲜高中排除在高中教育免学费计划之外的做法非法。法院认定，该做法妨碍了朝鲜裔儿童受教育的权利。这是有关此类学校是否符合该计划资格的同类诉讼中的第一个裁决。虽然自2010年以来公立高中已根据该计划免除学费，但政府担心朝鲜学校由于历史上与朝鲜有联系而可能会滥用补贴，因而将这些学校排除在外。
工人权利 —— 移徙工作者
11月，政府开始根据技术实习生培训计划（Technical Intern Training Program），接收首批1万名在3年的时间里入境的越南人，以满足日本劳动力短缺的问题。该计划由于造成广泛的侵犯人权行为，而受到人权倡议者的严厉批评。批评人士担心，在未解决问题的情况下扩大该计划，将导致更多的性侵犯、涉及工作的死亡事件以及构成强迫劳动的工作条件。
难民和寻求庇护者
虽然庇护申请数量继续大幅增加，但政府在2月称，在2016年的10,901份申请中批准了28份，申请数量比前一年增加了44％。
侵害妇女和女童的暴力
韩国总统文在寅在12月发表声明，表示日本和韩国在2015年就日军性奴役制度达成的协议未能解决问题，这是7月被任命对协议进行审议的特别工作组得出的调查结果。有关协议受到公民社会组织和历史学家的批评，因为协议没有奉行全然以受害者为中心的做法，而且日本也未正式和明确就军队在二战前和二战期间严重侵犯妇女和女童人权的行为承认责任。