2021年，在马来西亚，人权捍卫者、记者、反对派领导人和其他人因批评政府而遭到调查、逮捕和起诉。政府使用新冠疫情措施来限制言论和集会自由权利。这一年记录到更多的羁押期间死亡情况，但无人被追究责任。针对难民、寻求庇护者和移徙工作者的移民突击检查、拘留和其他形式的迫害仍在继续。LGBTI 人士面临更多的歧视。
政府对新冠疫情的处理引起了公众抗议和政治不稳定。政府在2021年1月至8月1日实行紧急状态，暂停全国议会和州议会，以应对疫情。总理慕尤丁·亚辛在失去多数支持后于8月16日辞职。他的继任者伊斯梅尔·萨布里·雅各布在1周后宣誓就职。
言论自由
2 月，新闻机构《当今大马》（Malaysiakini）因其读者发表的批评法庭判决的评论，被以藐视法庭罪罚款 50万令吉（约11万9千美元）。《通信和多媒体法》（CMA）和《煽动法》被用来将不同意见的声音定罪。3月，政府颁布了一项条例，来打击与新冠疫情相关的“假新闻”，该条例随着紧急状态在8月解除而到期。活动人士、记者和其他人因批评当局而面临调查、起诉和骚扰。7月，难民权利活动人士柯玉莉（Heidy Quah） 因 2020 年在社交媒体上发表评论强调移民拘留所的恶劣条件，而被根据《通信和多媒体法》指控。
7 月，警方突击搜查了一部关于警察暴力的动画电影制片人的办公室。7月29日，学生活动家莎拉·伊尔迪娜·阿里夫 （Sarah Irdina Arif）被根据《煽动叛乱法》拘留和审问，因为她在社交媒体发帖支持斗争和平集会（“Lawan”），该集会抗议政府对新冠疫情的处理。
集会自由
《和平集会法》和控制新冠疫情的法律和条例被用来阻止和驱散和平抗议。3月，在出现要求将投票年龄降至18岁的抗议之后，警方审讯了示威者。5月，当局根据《和平集会法》对要求重新召集议会的抗议者进行了调查。7月，警方威胁要逮捕一家医疗机构的医生，这些医生正在参加全国性的1小时罢工，以支持获得更好的工作保障。罢工因此被取消。
在总理慕尤丁·亚辛辞职前几周，对和平集会权的打击加大。7月 31 日，数十人因和首都吉隆坡的一场斗争和平集会抗议有关而受到调查。许多其他人说他们在家中受到警察骚扰。
8月2日，防暴警察阻止107名反对派议员进入议会大楼，该大楼在政府称发现新冠病例后被封锁。警方随后要求问询参与抗议活动并被阻止进入大楼的议员，并以违反新冠控制法律的理由对他们处以罚款。
8月19日，警方驱散了斗争和平集会为新冠病毒受害者举行的一场守夜活动，并以违反新冠控制法律的理由逮捕了13人，并对他们处以罚款。根据《警察法》，2名参与者因“暴乱、下流、无序或侮辱性” 行为而受到指控。组织者取消了随后的斗争和平集会抗议活动。但警方还是获得了法院命令，禁止34名活动人士进入吉隆坡，并封锁了通往该市的道路。
难民和移徙者的权利
难民、寻求庇护者和移徙作者继续遭到严酷对待，包括移民突击检查、逮捕、拘留和被驱逐遣返到他们真正面临侵犯人权风险的国家。2月，尽管缅甸发生军事政变后暴力和迫害威胁增加，但政府无视法院命令，将1086名移徙者和寻求庇护者驱逐到缅甸。
6月，在对存在大量无证移徙者地区进行的一系列突击检查中，数百人被拘留。拥挤的移民拘留设施增加了被拘者感染新冠病毒的风险。政府还在网上传播反罗兴亚的海报和其他反移徙者的信息。
5月，加拿大政府宣布正在调查有关马来西亚棕榈油种植园和手套厂强迫劳动的指称。
残忍、不人道和有辱人格的待遇
这一年中至少有19人在在警察关押期间或释放后不久死亡。一名40岁的男子在4 月死亡，此前一个月他遭警方拘留并获释后住院治疗。据媒体报道，尸检发现 A·加纳帕西（A Ganapathy）的死因是在警方拘留期间受伤。政府声称正在进行调查，但没有人受到指控。根据政府数据，2020年1月至 2021年9月，有105人在警察关押场所、监狱和移民拘留中心死亡。
LGBTI人士的权利
对LGBTI人士和活动家的迫害仍在继续。1月，政府表示正在考虑加大对LGBTI人士“不端行为”的处罚。6月，政府的“反LGBTI工作组”警告要对那些“促进LGBTI生活方式”的人采取行动。至 6 月，已有 1,733 人被送往伊斯兰发展部 (Jakim) 运营的政府“康复”营地，目的是改变LGBTI的“生活方式”和“性取向”。10月，跨性别女士努尔·沙杰特（Nur Sajat ）在澳大利亚成功申请庇护。她声称在1月被警方拘留时遭到性侵。
原住民的权利
吉兰丹州的原住民抗议修建大坝的计划，社区领导人声称缺乏自由、事先和知情情况下的同意。7月，一个原住民社区对雪兰莪州政府提起司法审查，挑战一项将他们驱逐出其土地来为旅游项目让路的通知。
死刑
尽管马来西亚仍暂停执行死刑，但废除死刑的进展停滞不前。该国继续判处强制性死刑，包括与毒品有关的罪行。