日本有意建立一个国家人权机构，但自2012年以来一直没有任何进展。公民社会继续呼吁设立可调查侵犯人权行为的个人申诉程序。尽管在政治层面出现一些进展，但对同性恋者、双性恋者、跨性别者和双性人的歧视依然存在。移徙工作者及其家属的权利没有受到法律的充分保护。日本尚未批准《保护所有移徙工人及其家庭成员权利国际公约》。
死刑
日本继续处决囚犯，而且缺乏保障措施来停止对精神或智力残障人士使用死刑。6月，废除死刑公民委员会（Citizens’ Committee to Abolish Capital Punishment）在国际特赦组织的参与下成立，以推动有关废除死刑的讨论。
歧视 —— 少数民族
政府决定将历史上与朝鲜有联系的韩语学校排除在高中免学费计划之外后，最高法院驳回了一起对此提出的索赔申请。法院还维持了大阪高等法院的上诉裁决，认为政府的决定是合法的。至年底时，两起与该问题有关的案件仍在高等法院待决。
言论自由 —— 艺术家
8月3日，爱知三年展2019展出涉及政治“禁忌”的展品，但展览在收到大量投诉后被中止，其中主要针对两件作品：一件包含裕仁天皇在火中被烧的影像，另一件则包含一名“慰安妇”的雕像。慰安妇是在第二次世界大战之前和期间被日军强迫性奴役的妇女。在公众批评言论自由受限后，展览于10月重新开放。
移徙者权利
4月，日本修订了《出入国管理及难民认定法》（《出入国和难民法》），通过创造“特定技术人员”的新居留身份来处理劳动力严重短缺的问题。公民社会组织担心，这可能会增加遭受人权侵犯的外国劳工人数，因为修正案并未处理允许侵权行为发生的基本结构问题，上述的侵权行为包括性侵犯、因工死亡和构成强迫劳动的工作条件。
难民和寻求庇护者
当局在3月称，在10,493个难民身份申请中，有42名在2018年被批准。截至9月底，有198名寻求庇护者或非正规移民参加了绝食，以抗议他们被超期和无限期拘押在拘留所以及这些设施的环境。 当局在10月1日称，6月24日长崎一家拘留所内一名尼日利亚男子因绝食而死亡。东京律师协会指出，《出入国和难民法》允许在未评估每起案件中拘留必要性的情况下进行拘留。
男女同性恋、双性恋、跨性别者和双性人（同志）的权利
2018年12月，4个反对党提出了一项禁止歧视同志的议案，该议案在2019年底仍然待决。执政党宣布将提出一项议案，但仅旨在 “促进一个宽容的社会”。批评者称政府的议案不足以保护同志免受歧视，也不会承认同性婚姻。9月，东京都政府推出了一项关于性倾向和性别认同（SOGI）的基本计划，以落实2018年10月通过的一项禁止歧视同志的法令。
截至9月，日本有25个市和一个县承认了同性伴侣关系。同月，一家地区法院裁定同性伴侣有权享有与异性未婚伴侣类似的法律保护。该裁决进一步称，《宪法》第24条中关于婚姻是在“两性”同意的基础下结合的措辞，并不意味着否定同性婚姻。
5月，立法机关通过了一项法律，要求公司防止工作场所骚扰，并附加了一项决议，特别要求防止基于性倾向和性别认同的骚扰。
尽管《性别认同障碍法》允许个人正式改变其性别，但条件是该人失去生殖器官或生殖能力、进行性别确认手术和必须单身，这侵犯了他们的人权。